در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دین­پناه و پوس­وری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر  SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت­ها (FUNI)، با نرم­افزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرم­افزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کم ترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیش ترین مربوط به نژاد بربری بود. بیش ترین میزان FROH (0/159) در نژاد بربری و کم ترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوس­وری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. هم چنین بیش ترین و کم ترین تعداد ROH به ترتیب روی کروموزوم­های دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسل­های حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیش ترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کم ترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دین­پناه و پوس وری به ترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 به­دست آمد. هم چنین Ne اکثر جمعیت­های موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادی نمودن تولید و طراحی برنامه­های مناسب جفت گیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری  است.

به منظور تعیین اندازه مؤثر جمعیت های گاومیش ایران از 407 رأس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونه-گیری به عمل آمد. نمونه ها بعد از استخراج DNA، با استفاده از آرایه های ژنومیکیAxiom Buffalo Genotyping 90K Array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه مؤثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل حاضر با استفاده از نرم افزار (V2)NeEstimator و بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی، محاسبه گردید. نتایج به دست آمده برای نسل حاضر نشان می دهد که اندازه مؤثر جمعیت های آذری و خوزستانی نسبتاً بالا است و این جمعیت ها از لحاظ ژنتیکی در معرض انقراض قرار ندارند. ولی شیب بالای کاهش اندازه جمعیت برای این جمعیت ها نگران کننده است و بایستی جهت حفظ اندازه مؤثر جمعیت مطلوب و تنوع قابل قبول برای این جمعیت ها برنامه ریزی صورت گیرد. همچنین نتایج به دست آمده برای جمعیت مازندرانی نشان می دهد این جمعیت از لحاظ ژنتیکی در معرض انقراض قرار دارد. بنابراین بایستی اندازه مؤثر جمعیت به دقت کنترل گردد و نیز با اقتصادی کردن تولید و طراحی تلاقی های مناسب از افزایش هم خونی و انقراض ژنتیکی این جمعیت جلوگیری کرده و جمعیت را حفاظت ژنتیکی کرد.

هدف از انجام پژوهش حاضر بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت با استفاده از تحلیل شجره و همچنین پسروی ناشی از هم خونی صفات رشد در گوسفندان ایران بلک بود. از اطلاعات شجره و رکوردهای صفات وزن تولد، وزن شیرگیری، وزن شش ماهگی، وزن نه ماهگی و وزن یک سالگی مربوط به 5481 رأس دام که طی سال های 1362 تا 1390 در ایستگاه اصلاح نژاد عباس آباد مشهد جمع آوری شده بود استفاده شد. برای برآورد ضرایب همخونی از نرم افزار CFC و برای سایر تحلیل های شجره از نرم افزار Endog (نسخه 8/4) و برای بررسی اثر هم خونی بر صفات رشد از نرم افزار WOMBAT استفاده شد. تعداد حیوانات بنیان گذار، تعداد مؤثر حیوانات بنیان گذار، تعداد مؤثر اجداد، تعداد مؤثر ژنوم حیوانات بنیان گذار، تعداد مؤثر ژنوم حیوانات غیربنیان گذار به ترتیب 167، 22، 17، 11 و 22 رأس بود. متوسط هم تباری، متوسط رابطه خویشاوندی و متوسط ضریب هم خونی به ترتیب 71/4، 42/9 و 80/4 درصد برآورد شد. فاصله نسل 85/4 سال و اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از روش افزایش هم خونی فردی 26 رأس محاسبه شد. میانگین فاصله نسل در مسیر تولیدمثلی پدر– نتاج بیشتر از مسیرهای مادر– نتاج بود. همچنین نیمی از تنوع ژنتیکی جمعیت از 6 رأس از اجداد منشأ گرفته است. پسروی ناشی از هم خونی صفات وزن تولد، وزن شیرگیری، وزن شش ماهگی، وزن نه ماهگی و وزن یک سالگی به ترتیب 3/10، 6/130، 8/491، 5/525 و 7/414 گرم به دست آمد. نتایج نشان دهنده ی کاهش تنوع ژنتیکی جمعیت مورد مطالعه در مقایسه با حیوانات بنیان گذار بود و پسروی ناشی از هم خونی مشاهده شده نیز تأییدکننده ی آن است.

مقدمه و هدف: تنوع ژنتیکی ظرفیت جمعیت را برای پاسخگویی به انتخاب و پیشرفت ژنتیکی تعیین می کند. برای ارزیابی برنامه ­های اصلاح نژادی انجام شده روی یک جمعیت و تصمیم گیری برای ادامه آن، ارزیابی تنوع ژنتیکی آن جمعیت ضروری است. لذا هدف از این پروژه بررسی تنوع ژنتیکی و برآورد پارامترهای جمعیتی گوسفندان سنجابی بر اساس تجزیه و تحلیل اطلاعات شجره نامه آنها بود. مواد و روش ها: اطلاعات مورد استفاده شامل شماره حیوان، شماره پدر، شماره مادر، جنسیت و تاریخ تولد 2067 راس گوسفند خالص سنجابی بود که در طی سال های 1387 تا 1402 در ایستگاه مهرگان جمع‎آوری شده بود. تجزیه و تحلیل شجره‎نامه بر روی کل جمعیت یا یک جمعیت مرجع به منظور تخمین پارامترهایی مانند ضرایب همخونی، میزان افزایش همخونی، اندازه جمعیت مؤثر، فاصله نسلی، تعداد مؤثر افراد بنیان‎گذار و تعداد مؤثر اجداد انجام شد. یافته ها: فاصله نسلی و متوسط رابطه خویشاوندی به ترتیب برابر با 2/87 سال و 0/43 درصد برآورد شد. میانگین همخونی در کل جمعیت مورد مطالعه برابر با 0/48 درصد محاسبه شد که بیانگر سطح پایین همخونی در این جمعیت بود. روند تغییرات همخونی در طی سال های مورد مطالعه به صورت نامطلوبی افزایشی بود. اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از افزایش همخونی فردی و روش حداکثر تعداد نسل برابر با 260/86 راس برآورد گردید. اندازه مؤثر افراد بنیان گذار برابر با 272/60 راس برآورد شد که بیانگر مشارکت متوازن حیوانات جمعیت پایه در تولید مثل بود. تعداد مؤثر افراد بنیانگذار (fe) و تعداد مؤثر اجداد (fa) به ترتیب برابر با 109 و 100 راس بود. نسبت fe/fa برابر با 1/09 محاسبه شد که بیانگر اثر کم تنگناهای ژنتیکی بود. 50 درصد از کل تنوع ژنتیکی توسط 38 راس از اجداد تأثیرگذار به‎وجود آمده است که بیانگر مشارکت متعادل اجداد در ایجاد تنوع ژنتیکی افراد نسل بعد بود. نتیجه گیری: نتایج به‎دست آمده از این تحقیق نشان داد که با وجود جمعیت کم و بسته بودن آن، تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی میان گوسفندان ایستگاه وجود دارد. از آنجا که از دست دادن تنوع ژنتیکی و افزایش هموزیگوسیتی منجر به کاهش تولید و عملکرد خواهد شد، لازم است با بررسی تنوع ژنتیکی و اتخاذ تصمیماتی جهت حفظ آن، از کاهش تنوع ژنتیکی و اثرات سوء آن در آینده جلوگیری کرد.

هدف از این تحقیق بررسی میزان همخونی و اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از تراشه های متراکم SNPChip 50K در 96 رأس گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور بعد از کنترل کیفیت داده های حاصل از تعیین ژنوتیپ SNPها با استفاده از تراشه 50K، 40879 نشانگر SNPجهت محاسبه میزان همخونی و اندازه مؤثر جمعیت مورد استفاده قرار گرفت. اندازه مؤثر تعداد افراد در حال جفت-گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به وسیله نرم افزار NEESTIMATOR به ازای هر کروموزوم جداگانه برآورد شد. همچنین ضریب همخونی با استفاده از چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت ها (FUNI)، با استفاده از نرم افزار GCTA و Run Of Homozygosity (FROH) به کمک نرم افزار PLINK محاسبه گردید. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده به ترتیب 393/0 و 407/0 به دست آمد. متوسط اندازه مؤثر برآورد شده، 69 رأس بود و متوسط فاصله اطمینان 95% برای این برآوردها 2/93-0/40 به دست آمد. همچنین در این تحقیق مشخص شد ضریب همخونی محاسبه شده با استفاده از سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مشابه و معادل با 063/0 تخمین زده شد. علاوه بر این میزان همخونی در روش ROH برابر با 053/0 برآورد شد. در مجموع نتایج این تحقیق نشان داد که با وجود تنوع ژنتیکی مناسب در جمعیت گوسفند زندی مورد مطالعه، اندازه مؤثر آنها به شدت کاهش یافته است و طراحی برنامه های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی ضروری است.

انتخاب ژنومی می تواند به برآورد دقیق تر ارزش های اصلاحی، پیشرفت ژنتیکی حاصل از انتخاب دقیق تر و بهتر افراد و همچنین کنترل همخونی در حیوانات کمک کند. با شبیه سازی کامپیوتری ژنوم و فرآیندها می توان پیش بینی های لازم را قبل از اجرای فرآیندهای پرهزینه ژنومی، اجرا کرد. موفقیت هر برنامه اصلاحی بستگی زیادی به چگونگی ایجاد جمعیت پایه دارد؛ چراکه تمام تنوع ژنتیکی صفاتی که در هدف اصلاحی گنجانده می شوند، بایستی در جمعیت پایه ایجاد گردد. طراحی یک برنامه با هدف ایجاد جمعیت پایه ای در عدم تعادل پیوستگی به وسیله شبیه سازی آمیزش تصادفی بین جوامع زنبورها، در فرآیندهای اصلاح نژادی با درنظرگیری خصوصیات ژنتیکی و رفتار تولیدمثلی ویژه زنبور عسل، اهمیت دارد. در تحقیق حاضر با شبیه سازی عوامل مختلف جمعیتی و ژنومی با استفاده از نرم افزار MATLAB، معماری ژنتیکی زنبورعسل ایجاد گردید و ضمن بررسی تأثیر اندازه مؤثر جمعیت با نرم افزار NeEstimator در چهار سطح حداقل فراوانی آللی و در نسلی که دارای حداکثرعدم تعادل پیوستگی است، اثر تعداد ملکه ها و نرها در نسل های تاریخی مطالعه شد و معین گردید که با افزایش ملکه ها و تعداد نرها در نسلهای تاریخی، زمان رسیدن و نسلی که در آن حداکثر عدم تعادل پیوستگی رخ می دهد نیز افزایش می یابد و بالعکس با افزایش نرخ جهش، زمان رسیدن به حداکثر عدم تعادل پیوستگی کاهش می یابد. افزایش تعداد نشانگرها در جمعیت هایی با تعداد افراد کمتر در نسلهای تاریخی سبب کاهش زمان در رسیدن به حداکثر عدم تعادل پیوستگی شد. الگوی عدم تعادل پیوستگی در ژنوم نشانه ای قدرتمند از فرآیندهای ژنتیکی جمعیت است که آن را شکل می دهند.

فن آوری های ژنومی مانند تعیین ژنوتیپ با کارایی بالا بر اساس آرایه های SNP، پتانسیل بالایی برای رمزگشایی معماری ژنتیکی صفات پیچیده دارد و اطلاعات زمینه ای در مورد ساختار ژنوم در حیوانات اهلی، از قبیل میزان عدم تعادل پیوستگی (LD) فراهم می کند. در این پژوهش، از آرایه ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip برای تخمین و مقایسه عدم تعادل پیوستگی، اندازه مؤثر جمعیت (Ne) و هتروزیگوسیتی در سه جمعیت گوسفند ایرانی شامل گوسفند افشاری (41 رأس)، مغانی (35 رأس) و قزل (35 رأس) استفاده شد. میانگین LD (اندازه گیری شده توسط r2) بین SNPهای مجاور با میانگین فاصله 58، 56 و 56 کیلو باز برای همه کروموزوم ها به ترتیب 207/0± 151/0 برای نژاد افشاری، 190/0± 131/0 برای نژاد مغانی و 184/0± 121/0 برای نژاد قزل بود. کروموزوم 2 در نژاد افشاری و قزل و 12 در نژاد مغانی بیشترین میانگین r2 را در کروموزوم های اتوزوم هر نژاد داشتند. نژاد قزل بالاترین مقدار تنوع ژنتیکی را بر اساس اندازه مؤثر جمعیت و هتروزیگوسیتی نشان داد، در حالی که کمترین مقدار تنوع ژنتیکی در نژاد افشاری مشاهده شد. با توجه به مقادیر پایین عدم تعادل پیوستگی در این بررسی، نتایج مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی در بررسی های انتخاب ژنومی و مطالعات پویش پیوستگی ژنومی به آرایه های با تراکم نشانگری بالاتر از 50Kb نیاز خواهد بود.

اندازه مؤثر جمعیت به علت رابطه مستقیم با نرخ افزایش همخونی و همچنین میزان کاهش تنوع ژنتیکی حاصل از رانش ژنتیکی، یکی از فراسنجه های مهم در ژنتیک جمعیت و حفظ ذخایر ژنتیکی به شمار می رود. در این تحقیق از اطلاعات شجره ای گوسفندان نژاد سنگسری که طی 27 سال (1394-1368) در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد شهرستان دامغان جمع آوری شده بود جهت برآورد اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از شش روش مختلف استفاده گردید. در این روش ها از منابع اطلاعاتی مختلفی چون تعداد والدین نر و ماده در هر سال، نرخ افزایش همخونی بین دام ها و والدین آنها، نرخ افزایش همخونی بین دام ها و نسل قبلی آنها، نرخ افزایش ضریب خویشاوندی افزایشی، ضریب رگرسیون همخونی بر سال تولد و افزایش همخونی فردی جهت برآورد اندازه مؤثر جمعیت استفاده گردید. برآوردهای به دست آمده توسط روش های مختلف با هم متفاوت بوده و از 41 تا 8369 رأس متغیر بود. بهترین روش با توجه به برخی معیارها همچون بازه زمانی مورد استفاده، آزمون تشکیل یا عدم تشکیل زیرجمعیت ها، پایایی برآوردها و عدم برآورد منفی برای اندازه مؤثر جمعیت انتخاب گردید. با در نظر گرفتن معیارهای مورد نیاز، برآوردهای حاصل از روش افزایش همخونی فردی به عنوان بهترین برآورد از اندازه مؤثر جمعیت در این شجره انتخاب گردید. میانگین اندازه مؤثر جمعیت برآورد شده با استفاده از این روش 131 رأس بود. با توجه به بسته بودن این گله اصلاح نژادی و عددم ورود دام از دیگر گله ها، به کارگیری روش هایی جهت جلوگیری از کاهش اندازه مؤثر جمعیت همچون استفاده از روش مشارکت بهینه والدین توصیه می گردد.

تجزیه شجره ابزاری مفید برای بررسی ساختار جمعیت، تنوع ژنتیکی و تاریخچه جمعیتی است. در این پژوهش به منظور پایش ساختار شجره بزهای مرخز از تعداد 5726 رکورد جمع آوری شده در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز مرخز سنندج، طی سال های 1366 تا 1395 استفاده شد. خطایابی و آمار توصیفی شجره با برنامه CFC، تخمین اندازه مؤثر جمعیت و فاصله نسل با بسته نرم افزاری ENDOG و بررسی روند تغییرات همخونی با استفاده از نرم افزارEVA انجام شد. نسبت قابل توجهی از جمعیت بز مرخز (معادل 3/54 درصد جمعیت) همخون بود. میانگین رابطه خویشاوندی و میانگین همخونی در کل جمعیت به ترتیب 61/2 و 68/2 درصد برآورد شد که نشان داد سطح همخونی در جمعیت بیشتر از حد مورد انتظار است. اندازه موثر افراد جمعیت بنیان گذار برابر 65/80 حیوان برآورد شد که بیانگر مشارکت نامتوازن حیوانات جمعیت پایه در تولیدمثل بود. روند تغییرات همخونی نامطلوب و افزایشی بود که می تواند ناشی از بسته بودن جمعیت و استفاده نامحدود از شمار اندکی از والدین باشد. فاصله نسل جمعیت کل 23/3 سال و فاصله نسل جمعیت بنیان گذار 73/5 سال محاسبه شد که بیانگر سرعت بیشتر جایگزینی حیوانات در نسل های اخیر است. اندازه مؤثر جمعیت بز مرخز معادل 41/60 حیوان برآورد شد و به حداقل تعداد افراد پیشنهاد شده برای یک جمعیت بهینه (یعنی50 فرد) نزدیک بود. نتایج بیانگر همخونی بالا و افت تنوع ژنتیکی در جمعیت است و پیشنهاد می شود برنامه های حفاظتی، جایگزین برنامه های اصلاحی در بز مرخز شوند.

کارایی نشان می دهد که سازمان چگونه از منابع خود در راستای تولید نسبت به بهترین عملکرد در مقطعی از زمان استفاده کرده است. یکی از مهم ترین شاخص های بررسی عملکرد شرکت ها کارایی است، پیش بینی کارایی شرکت های بورس اوراق بهادار و شناسایی عوامل مؤثر بر کارایی شرکت ضرورتی است که در این پژوهش به آن پرداخته شد. به طوری که این تحقیق به بررسی نقش معیار های ریسک و نظام راهبری بر کارایی شرکت می پردازد .. در این راستا، برای اندازه گیری کارایی شرکت از روش تحلیل پوشش داده ها استفاده شده است. متغیرهای مستقل اولیه در این پژوهش شامل متغیرهای نظارتی نظام راهبری می باشد. یافته های تجربی مربوط به بررسی 154 شرکت پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران در بازه ی زمانی 1390 تا 1397، نشان می دهد که متغیرهای نسبت مالکان نهادی، نسبت مدیران غیرموظف، ارتباط سیاسی شرکت و نسبت مالکیت مدیریتی و تمرکز مالکیت نسبت به سایر متغیرها قدرت بالاتری در تبیین کارایی شرکت با استفاده از روش فرهنگی دارند و همجنین از بین معیار های ریسک معیار ریسک مالی،ریسک نوسان قیمت سهام وریسک بحران مالی بر کارایی تاثیر دارد به علاوه، از نتایج دیگر پژوهش می توان به این موضوع اشاره کرد که در پیش بینی و ارائه الگو کارایی آتی شرکت می توان از روش لاسو با خطای ناچیز استفاده کرد.